Bündorfs Schloss war Zentrum für die umliegenden Dörfer wie Bischdorf, Kriegstedt, Netzschkau, Milzau und später auch Dörstewitz. Es handelte sich um eine Wasserburg, die bis zum Jahr 1266 dem Markgrafen von Meißen gehörte und dann in den Besitz des Bischofs von Merseburg gelangte.
Das Hochstift trennte sich erst 400 Jahre später davon, denn 1696 erwarb es die Witwe des Herzogs Christian II. von Sachsen-Merseburg. Knapp dreißig Jahre später kam es an den Freiherrn von Zech und der ließ die Burg, die mindestens einen Turm besaß, in den Jahren 1730 und 1731 abbrechen und neu erbauen, dass das heutige Ensemble entstand.
Der Charakter als Wasserburg war schon zehn Jahre zuvor durch die Zuschüttung des „Brauhausteiches“ reduziert worden, doch selbst heute kann man dieses einstige Aussehen noch erahnen. Wasserburgen sind eher selten in Mitteldeutschland, fanden sich aber zum Beispiel in Langenbogen oder bei Lodersleben. In Oberfarnstedt und Mücheln-St. Ulrich kann man eine solche noch erahnen.