Wassermühlen finden sich an vielen Stellen im westlichen Umkreis von Halle und waren einst wohl häufiger als Windmühlen, da viele der Bäche in der Lage waren mehrere - teils Dutzende - Mühlen anzutreiben. Die Laweke, ein Nebenlauf der Salza, ist sicher nicht der wasserreichste Bach, doch gab es auch an ihren Ufern mehrere Mühlen. Die von Müllerdorf zählt zu den schönsten Gebäuden des Dorfes und befindet sich am Nordrand des Ortes. Heute dient sie dem Bildhauer Johannes Baumgärtner, von dem unter anderem die Skulpturennachgüsse am halleschen Rathaus stammen, und seiner Frau, der Keramikerin Eva Baumgärtner, als Atelier.
Laut dem Historiker Cyriakus Spangenberg (16. Jahrhundert) besaß Müllerdorf früher drei Wassermühlen, von denen die jüngste 1561 entstand und die älteste ursprünglich zu Flattersleben, eine Wüstung südlich von Zappendorf und Müllerdorf, gehörte. Flattersleben, wie auch die Dörfer an der Salza (Köllme, Langenbogen), besaß tatsächlich eine Mühle, die bereits 1234 erwähnt wird. Aufgrund seiner Namensendung darf man es zu den besonders alten Orten (1.500 Jahre und älter) zählen, wenngleich hier große Vorsicht geboten ist. Es würde aber sehr gut zu Spangenbergs Schilderung passen, denn er berichtet, dass Flattersleben durch kriegerische Handlungen arg gebeutelt wurde, früher aber ein großes Dorf war. Als wieder ruhigere Zeiten eintraten, siedelten sich die Bewohner am Nordufer der Laweke, die er noch "Labeka" nennt, an und nannten den neuen Ort daher nach der Mühle, behielten aber vorerst noch ihre Grundstücke (Höfe, Äcker und Wiesen) in Flattersleben, was auch in seiner Zeit noch der Fall war, in der Flattersleben bereits entvölkert war.
Nachweisbar ist, dass Müllerdorf schon in der Ersterwähnung im Jahr 979 Milleronthorp heißt. Im Jahr 1254 klingt der Name (Mullerendorp) noch ähnlicher. Daher ist die vom Onomastiker Hans Walther gefundene Erklärung über das mittelhochdeutsche Wort 'mülner' (= Müller) durchaus die wahrscheinlichste Erklärung des Ortsnamens. Dies setzt aber zwingend voraus, dass bereits im 10. Jahrhundert eine Mühle in oder bei Müllerdorf bestanden haben muss und diese ließe sich wiederum am leichtesten mit dem alten Ort Flattersleben erklären. Wassermühlen wurden wohl durch die Franken nach Mitteldeutschland gebracht.
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