Vom Bahnhof Löbejün sind nur noch die Gleise und einige Nebengebäude erhalten. Er war Zwischenstation an der Nebenstrecke Nauendorf–Gerlebogk, die hauptsächlich für die Industriebetriebe an der Strecke erbaut wurde. Für den Bau der Strecke wurde durch die Vereinigte Eisenbahnbau- und Betriebs-Gesellschaft eine eigene Nauendorf-Gerlebogker Eisenbahn-Gesellschaft gegründet. Versuche Personenverkehr zu vermitteln war stets schwierig, eingestellt wurde er aber erst 1963. Der Güterverkehr bestand noch einige Jahrzehnte länger, in Löbejün wurde er 99 Jahre alt. Heute ist die Strecke, die früher von Preußen nach Anhalt führte, Löbejün mit Gröbzig und über Nauendorf mit Halle, Könnern und Halberstadt verband, nur noch bis zum Natursteinwerk in Nutzung. Der Bahnhof war ein Kopfbahnhof, im Vorort Gottgau existierte zudem noch eine Nebenbahn nach Plötz (1993 eingestellt), wie man in dem Buch Klein- und Privatbahnen im unteren Saaletal von Dirk Endisch nachlesen kann.
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