Als im Mai 1631 Magdeburg auf so grausame Art und Weise vernichtet wurde, dass es über Jahrhunderte hinweg Inbegriff der Stadtzerstörung war und man von „magdeburgisieren“ sprach, da war dies eine der letzten Grausamkeiten des katholisch-kaiserlichen Heerführers Tilly. Er zog im Sommer gen Thüringen, verbreitete Angst und Schrecken, überall wo er auftauchte, da jede Stadt dasselbe Schicksal fürchtete, musste dann aber gen Nordosten zurückkehren, da der schwedische König Gustav Adolf immer weiter vorrückte. Beide Male streifte dabei sein Heer die Querfurter Gegend, doch da die Stadt gerade von kaiserlichen Truppen besetzt und ohnehin weitgehend ausgeplündert war, blieb sie von weiteren Gewaltakten verschont. Tilly begab sich bis an die Elbe, wo er Gustav Adolf tatenlos bei Werben gegenüberstand, dann gen Eisleben zog, um sein Heer zu verstärken und von dort über Halle nach Sachsen. Erneut wurde viel geplündert, unter anderem Weißenfels und Vorstädte von Merseburg. Bei Breitenfeld (nördlich von Leipzig) trafen die katholischen Heerscharen (40.000 Mann) am 7. September 1631 auf die evangelischen Sachsen und Schweden und Gustav Adolf konnte die Oberhand gewinnen. Es war dies die erste schwere Niederlage Tillys, der nun nach Nordwesten fliehen musste. Am 10. September wurde Halle befreit, am 11. 9. die Moritzburg. Dann schickte Gustav Adolf einen kleinen Vortrupp (150 Mann) nach Querfurt und verlangte dessen Übergabe, welche auch erfolgte, zumal nur 35 Mann der Kaiserlichen in der Burg Querfurt saßen.
Zwei Tage später, am 17. September, brach Gustav Adolf mit seinem gesamten Heer auf und begab sich nach Querfurt, wo er in der Klostergasse (heute Klosterstraße) genächtigt haben soll. Dort wurde auch eine Gedenktafel angebracht, doch Nachforschungen ergaben, dass dies nicht der tatsächliche Übernachtungsort war. Es erschien wohl schon immer fragwürdig, dass er in einer Seitenstraße der Vorstadt genächtigt haben soll, wo ihm doch selbst die Burg offen stand. Er kam damals beim Stadtschultheißen Schobis unter, der sich äußerst bescheiden und ehrfürchtig zeigte und dafür zum Dank von Gustav Adolf zum Abschied ein Medaillon geschenkt bekam. Dieses beschreibt Karl August Gottlieb Sturm, aus dessen „Chronik der Stadt und Herrschaft Querfurth“ auch die meisten der obigen Angaben übernommen wurden, im Jahr 1845 detailliert. Es handelt sich dabei um ein deutsch beziehungsweise lateinisch beschriftetes Medaillon, das zudem die Jahreszahl 1630 und das Bildnis Gustav Adolfs trägt. Selbst die Spuren vom Abreißen des Medaillons sind erkennbar. Es befand sich damals (1845) im Besitz der Familie Schomburgk, die es geerbt hatte und gemäß dem Wunsch des Erstbesitzers stets weitergab. So hat dieser zweitägige Aufenthalt Gustav Adolfs (er zog am 19. September weiter gen Erfurt) gleich mehrere Spuren in Querfurt hinterlassen, denn die Gedenktafel befindet sich zwar nicht mehr in der Klosterstraße, sie ist aber lediglich umgezogen. Sie hängt seit etlichen Jahrzehnten am korrekten Haus am Markt Ecke Schlossstraße. Ernst Ihle, der auch die falsche Anbringung berichtet, überliefert uns die Inschrift der Gedenktafel: „Gedenke an Gustav Adolf, König von Schweden, den 18. September 1631“.
Auch nach dem Abzug des Königs musste die kleine Stadt monatelang Zehntausende Schweden versorgen, etwa vom 26. November 1631 bis zum 20. Januar 1632 30.000 Mann. Wenige Monate später starb Tilly, doch Querfurt, Halle, Weißenfels oder auch Merseburg wurden im Oktober 1632 wieder von kaiserlichen Truppen besetzt. Diese ständigen Wechsel waren typisch für den Dreißigjährigen Krieg und wurden stets auf den Schultern der Bevölkerung ausgetragen, die von Freund und Feind fast gleichermaßen belastet wurde. Gustav Adolf kehrte zurück, befreite Naumburg und es kam zur berüchtigten Schlacht von Lützen, in der er sowie der kaiserliche General Pappenheim getötet wurden. Dieser schwedische Sieg vertrieb wiederum die Katholiken und so wurde Querfurt samt Umland erneut mit Schweden besetzt.
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