Gottesackerkirchen gab es früher in vielen Orten und sie entstanden zumeist in Zusammenhang mit der Verlegung der Friedhöfe aus den Altstädten heraus, wo sie sich bis dahin an den Sakralbauten befanden. Diese Entwicklung des 16. Jahrhunderts setzte sich auch in späteren Zeiten fort, in denen man nunmehr vom Friedhof statt vom Gottesacker sprach. In Querfurt hat sich ein schönes Exemplar einer solchen barocken Friedhofskirche erhalten.
Sie steht auf dem Friedhof, der 1572 nördlich der Altstadt und jenseits der Querne auf dem Hang entstand und somit entfernt an Halles Stadtgottesacker erinnert. An der Stadtseite zieren sie die Worte "Eingang zur Ruhe" und darunter befindet sich ein größerer Torbogen, der zudem mit einem Wappen samt Figur und Urne verziert ist. Architektonisch ähnelt das Bauwerk der Gottesackerkirche in Merseburg dahingehend, dass statt eines Turmes ein Dachreiter errichtet wurde, der dem Bauwerk trotz seiner Größe eine gewisse (angebrachte) Bescheidenheit verleiht.
Friedhofsbauten wurden später zumeist Kapellen genannt, doch blieb ihnen oft eine gewisse Monumentalität erhalten, wie etwa den Kapellen / Trauerhallen auf dem Gertraudenfriedhof in Halle, dem Friedhof in Klepzig oder dem Südfriedhof in Halle. Dieser Eindruck wird aber im Wesentlichen durch die geringe Höhe der Grabsteine erzeugt. Erst mit dem Durchbruch zu reinen Trauerhallen / Leichenhallen wurden die Bauwerke kleiner gehalten. Doch nicht nur ihre Größe macht die Friedhofskirche von Querfurt besonders, sondern auch die Durchfahrt, die in dieser Form in Mitteldeutschland äußerst selten vorkommt.
In der Gründerzeit wurde ein Backsteinbau an der Ostseite hinzugefügt.