Höhnstedt war immer eines der bedeutendsten Dörfer seines Umlandes, was sich wohl vor allem auf den Weinbau stützt, der hier betrieben wird. Doch auch ohne diesen wäre es durch seine günstige Lage wohl aufgeblüht. Ähnlich wie andere große Dörfer besaß Höhnstedt im Mittelalter gleich drei Sakralbauten, doch die Reformation führte dazu, dass sie säkularisiert, und teilweise in Ställe umgewandelt wurden. Auch das lässt sich in anderen großen Dörfern beobachten, etwa in Polleben oder Helfta. Selbst in dem Harzstädtchen Wippra reduzierte sich die Zahl der Gotteshäuser im 16. Jahrhundert von drei auf eins. Da Höhnstedt aber weiter anwuchs, war im frühen 19. Jahrhundert ein Neubau der Kirche notwendig.
Während man sich in Polleben Ende des Jahrhunderts dafür entschied, die neue Kirche an anderer Stelle im Ort neu zu erbauen, errichtete man sie in Höhnstedt - ähnlich wie im benachbarten Langenbogen - anstelle der alten Kirche. Das geschah vermutlich - wie dort - schrittweise, doch wissen wir aus dem Denkmalverzeichnis nur, dass die Kirche 1820 erbaut wurde, dass aber Teile der Kirche erst 1831 entstanden. Laut Dehio war der hallesche Stadtbaumeister Johann Justus Peter Schulze (1785-1855) der Architekt dieses Neubaus.
Die Kirche wurde den Heiligen Maria, Lucia und Ottilie geweiht - eine recht ungewöhnliche Kombination, die aber nichts mit den Patrozinien der verschwundenen Kirchen zu tun hat. Die Gründe für die Wahl eines Patroziniums sind vielfältig, zumindest ist aber hier auffällig, dass die Anrufung beider Heiligen gegen Augenleiden helfen sollte und dass der Namenstag beider am 13. Dezember ist. Somit ist es am wahrscheinlichsten, dass dies der Tag der Weihe der Kirche war oder aber für die Stifter aus anderen Gründen eine wichtige Rolle spielte.
Beim Abriss des Vorgängerbaues, der nachweislich schon 1582 Ottilie und Lucia geweiht war, fand man laut Buttenberg (1915, Chronik des Dorfes Höhnstedt) einen Stein mit der Jahreszahl 1484, zudem war eine der Glocken auf 1483 datiert. Um 1400 gab es dieses Patrozinium hingegen noch nicht in Höhnstedt.
Südlich unterhalb der Kirche befindet sich ein Kriegerdenkmal.
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