Am Ostausgang der Altstadt von Querfurt, am sogenannten Steinwegischen Thor, befand sich ab dem Jahr 1850 das „Hospital St. Georg und St. Johannis“. Bis dahin waren es zwei Siechenhäuser, die hier nur wenige Meter voneinander entfernt existierten. Das eine der beiden nennen Caspar Schneider und Gebhard v. Alvensleben Mitte des 17. Jahrhunderts "das Hospital S. Georgen oder der hl. Geist, so samt der Kapellen im Kriege ganz ruiniret, doch etwas wieder erbauet worden." Dennoch war dieses – genauso wie das nahegelegene Hospital St. Johannis – Mitte des 19. Jahrhunderts so baufällig, dass man sich zu einem Neubau entschloss, der beide in einem Gebäude vereinen sollte – und den Abriss beider Hospitäler zur Folge hatte.
Der Chronist Caspar Schneider berichtet zudem 1654 für das Vorjahr von einem umstrittenen Blutzeichen in dem „Hospital zum H. Geiste“. Unterschieden wurden beide Hospitäler zuvor dadurch, dass man St. Johannis das „unreine Spital“ oder auch „Siechen-Spital“ nannte, St. Georg aber das „reine Spital“ beziehungsweise das „Sundersiechen-Spital“. Laut Ernst Ihle (1938) wurde es zudem „Hospital zum reinen Geist“ genannt. Des Weiteren berichtet er, die Kirche sei St. Johannis geweiht, werde aber auch Geistkirche genannt. Das würde bedeuten, dass das vereinte Hospital weiter das „reine Spital“ war, an dessen Standort es ja auch entstand, seine Kirche aber das Patrozinium des „unreinen Spitals“ erhielt. Heute kennt man die kleine Kirche nur als Geistkirche, so dass sich diese Behauptung schwer nachprüfen lässt.
Diese Kirche entstand 1848 bis 1850 durch den Architekten Friedrich August Ritter. Ungewöhnlich für Querfurt ist der neogotische Stil, sowie das Fehlen eines Turmes, das sich aber aus der Funktion als Hospitalskirche erklärt. Von Ritter stammt im südlichen Sachsen-Anhalt unter anderem das Rathaus in Bitterfeld, der Ausbau des Hauptschlosses von Mansfeld oder auch der Wiederaufbau der Klosterkirche auf dem Petersberg. Von wem das benachbarte große Hospital St. Georg und Johannes stammt, konnte bisher nicht ermittelt werden.